魚群探知機のセンサー取付け場所によっては、測深能力やノイズに大きく影響します。通常カタログなどに記載されている深度表示は、測深レンジで測深能力とは異なってきます。実際に測深出来る能力は、海底の底質、泥状か砂、岩盤状かによって変わってきますが、センサーの取付け状態によっても大きく左右されることになります。魚探の性能を十分発揮するためには、音波の透過の良い場所や、ノイズの影響を受けない場所を選ぶ事が重要になってきます。取付け方法は、船底に穴を開ける方法、舷側からパイプで海中に入れる方法、トランザムに取付ける方法などあります。また、直接水中に出す方法や、物入れ、生簀の船底内側に取り付ける方法などがあります。魚探センサーは、直接水中に出す方が魚探本来の性能を発揮しますが、船体強度や走行時の不都合など、外部取付けしたくないときは船内に取付けします。この場合は、取付け場所や取付け方法によって、魚探の性能が著しく低下することがあるので注意が必要となります。